ภายใต้ยุทธศาสตร์ของมูลนิธิรักษ์ไทย (2449 – 2553) ที่มุ่งเน้นให้มีการพัฒนาการบริหารจัดการ ไปสู่ความเป็นมาตรฐานสากล ดังนั้น เพื่อให้บรรลุเป้าหมายดังกล่าว ฝ่ายการเงิน บัญชี และ ธุรการ ซึ่งเป็นองค์ประกอบหนึ่งขององค์กร ได้จัดให้มีการบริหารภายใต้หลักการบริหารจัดการในองค์กรที่ดี (Good Organization Governance) ซึ่งมีคุณลักษณะที่สำคัญคือ

1) ความโปร่งใส (Transparency) และ
2) ความสามารถอธิบายได้ (Accountability)

ฝ่ายการเงิน บัญชี และธุรการ ของมูลนิธิฯ กำหนดให้ใช้นโยบายทางการบัญชีตามมาตรฐานการบัญชีไทย (Thai Accounting Standard) และสากล (International Accounting Standard) ซึ่งเป็นหลักการบัญชีที่เป็นที่ยอมรับทั่วไป (General Accepted) โดยเน้นความโปร่งใสและสามารถตรวจสอบได้ ทำให้ได้รับการยอมรับและเชื่อถือจากสาธารณชน รวมทั้งแหล่งทุนทั้งภายในและต่างประเทศ

อนึ่ง มูลนิธิฯ ได้จัดให้มีการประเมินระบบการควบคุมภายในขององค์กรโดยรวม โดยใช้บริการของ PriceWaterHauseCoopers FAS Ltd. ซึ่งเป็นผู้ประเมินอิสระ และได้นำผลการประเมินดังกล่าวมาปรับปรุงระบบการควบคุมภายในขององค์กร ตามความเหมาะสมแล้ว

นอกจากนั้น ในการตรวจสอบงบการเงินของมูลนิธิฯ และตรวจสอบการใช้เงินของโครงการต่างๆ มูลนิธิฯได้ใช้บริการจากสำนักงานตรวจสอบบัญชีทั้งที่เป็น International Firm และ Local Firm ทั้งนี้ตามความเหมาะสม และ งบประมาณของแต่ละโครงการ เช่น สำนักงานสุพัฒน์และสหาย , PriceWaterHauseCoopers ABAS Ltd., Deloitte Touche Tohmatsu Jaiyos Audit Co., Ltd. เป็นต้น